《武林立志传》的关卡分为主线关卡、支线关卡以及随机关卡三种，依据玩家攻克关卡的顺序，将会分别产生三种结局。

主线关卡主要是进行主线故事，支线关卡乃是描写角色间私底下的互动，而随机关卡则是提供了各式各样的战场与敌人来让玩家挑战，并从中收集神装和秘笈。

随机任务“为民除害（太湖）”的开启条件：支线任务“小姑娘的发簪（太湖）”，主线任务“昔日旧情（百花坞）”。
主线任务“阴久幽篇”的开启条件：支线任务“沿海倭寇（倭寇巢穴）”，支线任务“丐帮叛徒（啸云山庄）”，支线任务“昂州之乱（昂州）”，支线任务“血鹰城小故事（血鹰城）”，支线任务“诡异古城（霞朦古城）”。
主线任务“金严狮篇”的开启条件：支线任务“真正的敌人（血鹰城）”，支线任务“心事重重的蓉儿（星宿湖）”，支线任务“秀丽夷州（夷州）”。
随机任务“昂州之乱（昂州）”的开启条件：主线任务“丐帮总舵（丐帮总舵）”，主线任务“意外之敌（巨石林）”。
随机任务“雾里看花（恶龙潭）”的开启条件：支线任务“通天塔圣地（通天塔）”。

影响结局以及难易度的支线任务：所谓的支线任务除了可以进行一些主角们平时对话的剧情之外，更重要的是能够开启地图上的据点，随着据点的增多，可以挑战的随机关卡大多数的情形都会随之变多。
但是支线任务与主线任务、随机任务有一个很大的差异处，那就是支线任务会随主线的进度而消失。早期若故意不解支线任务而让它消失，会导致很多随机任务“看得到却打不到”，很多当时必备的装备和秘笈也会因此暂时拿不了。一般来说，难度会较平常更高，所以看见地图上有支线任务出现时，可尽早攻略。
不过隐藏结局的出现条件与支线任务有关，玩家可依照自己的喜好选择所要挑战的路线。

若曾过关“小姑娘的发簪（太湖）”，则“太湖佳话（太湖）”不会出现。
若曾过关“许愿湖（星宿湖）”，则“心事重重的蓉儿（星宿湖）”不会出现。
若曾过关“寒冰蜘蛛（寒冰洞）”，则“意想不到（寒冰洞）”不会出现。
若曾过关“真正的敌人（血鹰城）”，则“血鹰城小故事（血鹰城）”不会出现。
若曾过关“两小无猜（天鸣洞）”，则“暗黑洞穴（天鸣洞）”不会出现。
若曾过关“沿海倭寇（倭寇巢穴）”，则“倭寇巢穴（倭寇巢穴）”不会出现。
若曾过关“夷州狐仙（夷州）”，则“秀丽夷州（夷州）”不会出现。
若曾过关“丐帮叛徒（啸云山庄）”，则“啸云山庄的秘密（啸云山庄）”不会出现。