第1关：鲁莽行事

首先，游戏片头以新闻报道方式诠释了纽约目前发现了一种新型病毒，正在急剧扩散，很多人类受到了感染。随后主角阿卡特兹（繁中翻译的真绕口……）美军陆战队员迷迷糊糊的登场了，此时队友叫你摇下头（晃动下鼠标即可）。

在与队友谈笑完当前行事后阿卡特兹所在潜艇被袭击了，全部队员迅速逃出潜艇，到第一个门口按“C”蹲下过门，第二个门也是。

当主角抵达第一个舱门时队友呼叫其帮忙，走到跟前按“F”互动开门。

门打开了之后跟着队友迅速游出潜艇。

当阿卡特兹与部分队友逃出潜艇时，以发现水面上依然是一片火海，船上的队员基本全部阵亡，正当大家还闹不清发生了什么事的时候，夜空突然出现了一搜外星战机，对陆战队员们疯狂扫射。而此时，纳米战士出现了，用重机枪击毁外形战机，并将阿卡特兹带走了。

第2关：二次机会

第1关结束后，主角从昏迷中醒来时自己已经变了样子，穿上了先前救他的那个人的纳米服。该关的主要任务是去寻找博士古德。

纳米服拥有智能系统，将阿卡特兹的DNA与衣服结合，动画中了解到救他的人被大家称为先知（实际上就是1代黑人队长），其自身已经被外星病毒严重感染，无法继续执行任务，将其纳米服脱下交给了陆战队员阿卡特兹并在系统中留下了其任务目标与其影像。

随后先知为了中断与病毒的联系举枪自杀了。

先知实体旁边的桌子上有“狗牌”。

走到门前按“V”进行肉搏攻击，击打开门锁。

穿过一系列障碍物走到2楼有断桥，按住“space空格”键不动进行纳米服能量的超级跳跃来越过断桥。

走到底后，抬头发现断层，同上按住“space空格”键不动跃上断层。

走到门前按下互动键“F”开门。

出门以后走到花园中心，按下“B”后，开启战术望远镜，纳米服AI系统开始强制控制，对你进行智能教学，按下“鼠标右键”放大，瞄准敌人或战术物品时按下“F”可锁定其目标，锁定的目标会在左下角地图显示出来。再次按“B”关闭战术望远镜。（战术望远镜在最高难度下非常重要，因为其有穿透监测敌人的功能，将全部敌人锁定后可从小地图上随时观测敌人动向）。当锁定完敌人以后下楼拾取手枪弹药。

高难度下在前期还没有学会防御能力的前提下很容易被敌人秒杀，可以利用掩体射击。

杀完两个CELL敌人以后进入大门。

进入大门以后，按“E”隐匿，纳米服的智能系统再次教学，隐匿后的玩家在一定距离内不会被敌人发现，过近的话还是会被发现的，并且隐匿状态会消耗右下角的纳米服能量，移动时则消耗更快，当能力解除时能量会在一定时间内快速恢复。

隐匿状态下走到敌人背后按下“V”可不动声色的刺杀敌人。

尽量以隐匿状态下瞄准好敌人以后以最快速度击杀，高难度下纳米服也是很脆弱的……顺便一提，当你被敌人发现后以最快速度隐匿并移动开最后现身的地方即可脱离敌人的攻击。

灭掉这几个CELL敌人后跃上集装箱。

此时会来一辆吉普车，下来3个敌人，玩家可选择与其战斗或者隐匿无视掉他们，隐匿的话注意能量，走到路中央没能量可是很悲催的……在这里下楼梯后往右拐会有双通道的大门，进入即可，不过里面有众多CELL部队，建议先对所有敌人进行战术望远镜锁定后寻找最佳路线或者击杀敌人。

进入大门后直走有个集装箱，可用来补充弹药，之后继续往前走。