在《刺客信条：叛变》中，玩家将扮演名为Shay Patrick Cormac的一位顶尖刺客猎人，他摒弃了他之前称作兄弟们的伙伴，力图消灭所有刺客，这一切都源于一次极端偏激的危险任务，之后他决定驾驶“莫瑞甘”号离开组织进行探险，并开始他对“刺客”们的猎杀。玩家们可以驾驶船只航行到比如纽约城，河谷，北大西洋等地点。游戏中包含新的武器气步枪，并且可以通过增强的Eagle Vision保护自己免受其他刺客的进攻。

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