在《战争机器2》中，人类最后的据点贾辛国已经被摧毁。《战争机器3》中人类居住的地方是一个漂浮在海上的巨大移动平台，它由“鸦巢”级航空母舰与另外多艘大型舰船捆绑而成。宛如一个海上大型村庄。游戏的开始就是马库斯在昏迷中醒来，而此时的状况非常危急，人类最后的基地正在遭受着敌人的疯狂进攻 原来，人类企图通过一场洪水将整个兽族消灭的计划并没有成功。伊姆能源的反作用将兽族变成了更加强大的敌人。正当马库斯与兽族作战的同时，前COG政府领袖Prescott乘坐直升机而来，他带来了马库斯父亲关于拯救Sera星球的临终录音留言。但是这个方法必须有出色斗士的配合才行，于是马库斯当仁不让地再次与队友们承担起了新的使命。