看门狗游戏发生在一个正在进行信息战、数据互联、电子产品日渐普及的世界中。鑑于2003年美加大停电由一名骇客引起，美国芝加哥设有一台监控全市资讯的超级电脑「中央操作系统」，几乎控制了市内每一件电子仪器并储存了所有市民的个人资料及行动纪录。

骇客艾登·皮尔斯在梅洛特酒店与搭挡戴米安·布伦克斯入侵银行电脑系统事败并遭报复，导致其外甥女丧生。11个月后，艾登寻获当天的杀手莫里斯·维加，但他拒绝供出僱主名称，因此艾登把他交给搭挡约尔迪·秦拘禁并继续进行调查。不久戴米安因艾登拒绝协助查出当天使他们事败的骇客而劫持了艾登的妹妹作质；艾登被迫服从戴米安的要求。

在另一骇客克拉拉·里尔协助下，艾登查出该名骇客的身份：当地一个黑社会组织的首领「伊拉克」。艾登入侵其伺服器取得部分资料后发现资料被加密，因此决定寻求该加密程式的原创者丁骨·格雷迪的协助。艾登在替丁骨完成其要求后获答允帮忙。

艾登突袭伊拉克之地盘、从其伺服器下载资料并杀死了伊拉克，但所得资料被另一骇客第福特盗去和删除，第幅特也留下一段录音，显示克拉拉于11个月前替向艾登和戴米安报复的人士提供了二人的下落。艾登愤然把克拉拉赶走后就资料失去一事向戴米安对质，戴米安却向当局公开了艾登的身份。

艾登与丁骨查出盗去伺服器资料的骇客并取回资料，其后也查出其妹的地点并把她救出。丁骨解读了资料后发现发出追杀命令的是梅洛特酒店老板德莫特·奎恩。艾登寻获奎恩后关掉了其心律调节器，并获悉奎恩下达追杀命令的原因是他与市长交好且以为艾登打算寻找能勒索市长的录像档。奎恩死后艾登赶往克拉拉处，但她已被戴米安的手下伏击杀死，艾登也在追查戴米安下落时发现他已破解了中央操作系统，使他能取得整个城市的资讯，艾登把丁骨之电脑病毒上载至中央操作系统使城市陷入停电后寻获戴米安并把他杀死。事后艾登前往莫里斯的拘禁之所，由玩家决定是否把他杀死。